Neudeck erhielt – teilweise zusammen mit seiner Frau Christel – zahlreiche Auszeichnungen, unter anderem die Theodor-Heuss-Medaille, den Bruno-Kreisky-Menschenrechtspreis, den Erich-Kästner-Preis und den Walter-Dirks-Preis. Noch im vergangenen Monat wurden Neudeck und seine Frau von Alt-Bundestagspräsident Wolfgang Thierse für ihr knapp 40-jährige ehrenamtliche Engagement zugunsten von Flüchtlingen gewürdigt.
Mit Blick auf seine Kirche sagte der Katholik Neudeck, er wünsche sich weniger Sorge um Kirchbauten, "weniger Weihrauch und Selbstbeschäftigung, dafür mehr Telefonseelsorge und konkrete Hilfe für Menschen in Not. Das ist für mich die Kirche von morgen". Papst Franziskus und dessen Besuch bei den Flüchtlingen auf Lampedusa nannte er einen Glücksfall.
Zur aktuellen Flüchtlingskrise hatte sich Neudeck noch im März im Philosophie Magazin geäußert: "Jeder, der in eine Erstaufnahme hineinkommt, muss ein Papier – heute sagt man Flyer – in die Hand bekommen in seiner Muttersprache. In dem Papier wird klar gesagt: Dieses Geschenk der Deutschen, dass man erst mal ohne Bezahlung eine Unterkunft, einen Schlafplatz und eine Vollversorgung plus Taschengeld bekommt, muss durch eigene Anstrengungen im Asylheim beantwortet werden."
Die Nachricht vom Tod Neudecks löste deutschlandweit Betroffenheit aus. Bundesjustizminister Heiko Maas (SPD) twitterte: "Rupert Neudeck hat vielleicht das Größte geleistet, was ein Mensch überhaupt tun kann: Menschenleben retten."
Der Vorsitzende des Zentralrats der Muslime in Deutschland, Aiman Mazyek, zeigte sich "geschockt und tieftraurig". Mit Neudeck hatte Mazyek die Organisation Grünhelm gegründet. Er twitterte: "Heute verstarb mein Freund und Wegbegleiter Rupert Neudeck @gruenhelme. Ein radikal-humanitärer Helfer."
Die Bundesvorsitzende der Grünen, Simone Peter, trauerte um einen der "wichtigsten Vorkämpfer für die Rechte von Flüchtlingen".
Bundespräsident Joachim Gauck würdigte Neudeck als Vorbild: "Mit Rupert Neudeck verliert unser Land einen Mann, der beherzt, mutig und auch kompromisslos für Menschen in Not eintrat", sagte Gauck. Neudeck und seine Frau hätten Tausenden Menschen das Leben gerettet und der "deutschen Katastrophenhilfe ein Gesicht und den Opfern eine Stimme gegeben". Bundeskanzlerin Angela Merkel sagte, Neudeck sei "ein wahres Vorbild an gelebter Menschlichkeit" gewesen. Er habe sich nie mit Missständen abgefunden, "stets sah er es als seine Aufgabe an, einen praktischen Beitrag dazu zu leisten, Not zu lindern".